Да, в параметрах обработки листа к нему привязывается валюта, по курсу которой входящие цены будут приводится в единой внутримагазинной условной единице.
Вам ничего не мешает принимать платежи в ручную, просто в способе оплаты не ставьте галочку "использовать модуль", а в описании доступно опишите какова процедура перечисления денег и на какой кошелёк.
