Чаще всего вредоносный код появляется на сайте в результате:

Для безопасной передачи сайтов воспользуйтесь сервисом uBox.

Вы можете сменить пароль от FTP в Панели Управления в разделе "Безопасность". 

Да, можно. Вы можете ограничить вход в Панель Управления с определенных IP адресов и их подсетей. Данный настройки имеются в Панели Управления во вкладке Безопасность -> Параметры безопасности.

Если уж такое случилось, хотя система вас 3 раза предупреждала о важности запоминания этого ответа при регистрации, то восстановить его вы все же можете, делается это при обращении в службу поддержки через Панель Управления Вашего сайта. Для восстановления вам понадобится предоставить неопровержимые доказательства Вашей связи с аккаунтом.